HAARP е обект на конспиративни теории , които твърдят, че той е способен да модифицира времето, инвалидизация сателити и упражнява контрол върху съзнанието на хората, и че той се използва като оръжие срещу терористите. Такива теоретици са обвинявани програмата за причиняване на земетресения, суша, бури и наводнения, болести като синдрома на войната в Персийския залив и синдром на хроничната умора